Так же как, скажем, архитектурный проект, не может указывать какая именно песчинка и на каком месте кладки должна находиться в строительном растворе. Он даже конкретный кирпич или железобетонную плиту и их место в конструкции не рассматривает.
В случае вашего архитектурного проекта конечно вполне достаточно, если копия какого-то уже построеного дома будет иметь то же число этажей, подъездов, квартир, метраж и похожий фасад. Но если кто-то осуществит копирование дома с точностью до песчинки или даже атома, то это будет вполне нормальныя копия. Согласны?
Для начала о "тех же атомах на тех же местах". Абсолютно ненужная и бессмысленная позиция. Ни тело, ни мозг, ни сознание, ни "Я" на этом уровне описаны быть не могут.
Могут! Я согласен с тем, что такое описание является СЛИШКОМ ТОЧНЫМ. Вполне достаточно воспроизвести нейроны и их связи между собой - всякие аксоны, дендриты, синапсы, пороги срабатывания и т.д. Но если скопировать еще лучше, с точностью до отдельного атома, будет ничем не хуже. Все существенные структуры мозга на уровне нейронов и их связей будут при этом в точности воспроизведены. Согласны?
Проблемы могут возникнуть если кто-то станет искать "дух, душу, сознание" на уровне отдельного атома, где-нибудь внутри него, или даже на уровне отдельного нейрона, а не на уровне нейронных сетей. Но если берется ВСЯ совокупность атомов входящих в мозг и их расположение, то ни один бит инфы не теряется. Многие биты конечно оказываюься излишними, но они никак не вредят. Согласны?
В исходном "парадоксе клона" сама задача стоит как задача по получению копии. А копия по определению не может являться оригиналом, исходным объектом.
Совершенно верно!
Затем Вы, обращаясь к вышеуказанной позиции, приходите к выводу что копия и есть оригинал, что для меня выглядит весьма странно.
Ни разу! Копия есть копия. А оригинал - ПОД ВОПРОСОМ. Иногда оригинал остается оригиналом, иногда утрачивает право называться оригиналом, иногда погибает. Каждую ситуацию с оригиналом надо рассматривать индивидуально.
Я ведь не зря обращался к аналогии с одноклеточными. На мой взгляд, вполне себе точная аналогия. Что важно в делении бактерии? Атомы из которых они строятся? Нет. Важен МЕХАНИЗМ РЕПЛИКАЦИИ, МОДЕЛЬ, МАТРИЦА по которым и получаются на выходе копии.
В делении бактерии важна ДНК или ее аналог. Если ошибок, мутаций в репликации нет - то все ОК. Но пара дочерних клеток это никакие не копии. Они в два раза меньше оригинала. Поэтому я точной аналогии не вижу.
Так вот механизм репликации одноклеточных есть естественная, реально существующая аналогия вашему надуманному, гипотетическому механизму получения копии сознания. В вашем случае именно эта фантастическая технология служит МОДЕЛЬЮ, МАТРИЦЕЙ, МЕХАНИЗМОМ РЕПЛИКАЦИИ. Всё- на выходе только копия!
Вы можете продолжать видеть аналогию там, где я вижу массу различий. Поскольку аналогии не имеют статуса доказательства, а являются лишь подсказкой, никакого противоречия нет.
Сам по себе алгоритм "объект001"-"матрица"-"объект002" делает невозможным второму объекту быть чем то иным кроме копии, из каких бы атомов он ни состоял и что бы мы потом(или даже до) ни сделали с первым объектом.
Все правильно. Второй объект, точнее ЕГО ТЕЛО - всегда копия. А вот первый - раз на раз не приходится.

Выводы.
1. Все аналогии, которые вы видите, с той или иной НАТЯЖКОЙ можно принять для копий МАТЕРИАЛЬНЫХ объектов.
2. Для копии сознания ни одна из этих аналогий даже близко не катит, потому что:
- Сознание это НЕ МАТЕРИЯ. Сознание это НЕ материальное, сознание это ИДЕАЛЬНОЕ.
- Сознание это ФУНКЦИЯ (мозга, материального).
3. Для выяснения того, когда сознание копия, а когда оригинал надо разбираться с ФУНКЦИЯМИ.
4. Все правила, законы, соотношения для копий материальных объектров надо выбросить и начать рассмотрение с нуля для сознания как функции.
Самое печальное то, что выполнив это программу, мы всего навсего лишь доведем до логического завершения точку зрения ДИАМАТА, которая, на мой взгляд, в вопросах сознания сильно лажанулась.
Итак, если у вас достаночно отваги, чтобы пойти по этому непростому пути, можно было бы начать со следующего. Сформулируйте хотя бы предварительно КРИТЕРИЙ, который позволяет определить, когда сознание еще можно считать оригиналом, а когда уже копией. Этот критерий должен обеспечивать УСТОЙЧИВОСТЬ оригинального сознания при естественной медленной, в течение нескольких месяцев, замене всех атомов носителя сознания - мозга, на новые атомы, а также при естественных изменениях происходящих в мозге, таких как обучение (инфа), опьянение (химия), незначительные травмы (механика) и т.д.