Каким образом атеист сохраняет самодовольство(превосходство),если приписывает это всё другим?
Да это не только атеисты, это все люди так. По крайней мере, Фрейд так считал, а он был атеистом и одним из главных критиков христианства в 20-м веке, так что знал, что говорил. 
Если атеист приписывает превосходство другим,такое же как себе,то как он может превосходить,то что равно ему?
А если без шуток, то изначально у тебя ошибка: проекция не в том, чтобы приписывать другим превосходство, а в том, чтобы приписывать другим, например, самодовольство. (Кроме проекций есть и другие психологические механизмы защиты от реальности).
Жаль, что ты не осилил статью: в ней ведь верующие критикуются больше, чем атеисты.

Я-то думал, сейчас налетит стая: ага! вот они какие верующие.

Но атеисты слишком ленивы, чтобы читать серьезные тексты.

(Шютка юмора).