Кстати, Сергей, сайт optina.ru, который вы рекомендовали, тоже выдаётся яндексом с префиксом www, как и наш.
Они специально оставили тройственный префикс, думаю, по эстетическим причинам, поскольку он там хорошо смотрится на фоне крыльев ангела и Триединого Бога, а на Вашем сайте это выглядит как криворукость создателя. Если не верите, что префикс на Оптине оставлен специально, то обратите внимание, что в отличие от ateism.ru, там стоит 301 редирект на основное зеркало, который оптимизирует вес страниц для поисковых систем, а у вашего сайта 'этого редиректа нет.
Обратите также внимание, что префикс «
www» отсутствует на подразделе сайта с толкованием Библии
bible.optina.ru, специально вынесенный на основном домене в третий уровень (не путайте с доменами третьего уровня на бесплатных хостингах, где основной домен не принадлежит авторам сайтов, а компании, которая предоставляет им бесплатные услуги). В разделе библейских толкований префикс убран, я так думаю, потому что URL вкупе с ним визуально будет слишком длинным, а это уже во вред ЧПУ, что отразится на SEO.