Считать, что природа все это устроила путем случайных трепыханий молекул без смысла и цели наивно.
В самом деле - предельно наивно. Но никто так и не считает. Молекулы не трепыхаются случайно. Молекулами управляет химия.
Когда отдельные мелкие изменения не дают явного преимущества, они не могут закрепиться отбором. Вряд ли из-за одной мутации в гаметах получился цыпленок, который так уж фундаментально отличался от матери не-курицы, что отбор через увеличительное стекло это увидел и приветствовал. Уверена, что отбор этого даже не заметил, хотя он хорошо замечает уродов-мутантов (типичный результат мутации) и бескомпромиссно отсеивает их. Обычная отмазка эволюционистов: мутация перешла в рецессивную форму и сохраняется в неявном виде сколь угодно долго, далее следующая полезная мутация присоединится к ней и так далее, пока не возникнет новый признак, дающий особи существенное преимущество.
Наивняк, потому что цепочка полезных изменений одной-единственной мутацией некоторого звена будет напрочь разрушена.
ЕО, как мы уже договорились, творческой способностью не обладает. Его главная функция - сохранить имеющиеся адаптации и отсекать отклонения от нормы. И он старательно эту работу выполняет.
Для того, чтобы перемены происходили, нужна некоторая активность или двигатель прогресса.
СТЭ на роль такого двигателя определяет мутации и в то же время признает, что они происходят хаотично, случайно, не направлено.
Не много толка от такого двигателя, который с равной вероятностью толкает объект взад, вперед или в сторону.
Нужно искать другой вариант активности.
Этим озадачивались Ламарк, Берг, Любищев и приходили к выводу, что в самом организме заложено нечто, устремляющее его к прогрессивному развитию.
Я не вижу другого решения, как только направленные мутации, которые делают все, что Вы описывали в Ваших построениях, но не случайным, а вполне закономерным образом.