Вы произносите такие слова как "организм" и "среда" - так как будто бы это что-то такое элементарное, хотя это само по себе не вероятно сложная вещь, и представляет отдельную проблему (по крайней мере для меня). Кирпич - это организм или среда? Можно ли организм считать частью среды?
Или давайте иначе: вот есть материя. Каким свойством должен обладать тот или иной кусок материи, чтобы он подпадал под имя "среда" и "организм"?
Эти понятия не элементарные и не могут быть определены раз и навсегда, потому что при разном уровне рассмотрения границы будут разными. Одно из упрощённых определений среды -- совокупность биотических и абиотических факторов, которые взаимодействуют с данным организмом и с которыми данный организм обменивается веществом и энергией. Если поменять "данный организм", то граница между "организмом" и "средой" изменится: для конкретного человека мыши в его доме -- часть среды, а для конкретной мыши тот же человек будет относиться к среде. Или: кишечную микрофлору можно рассматривать как часть (внутренней) среды человека или животного, а можно как часть, скажем, единого "сверхорганизма", поскольку всё это целиком действует как единый организм.
Поэтому, на мой взгляд, когда мы рассматриваем конкретный организм, мы его противопосталяем среде, то есть он в момент рассмотрения не часть среды. Но все другие организмы, взаимодействующие с данным, будут частью (его) среды. Свойства материи при этом не меняются -- любой "кусок материи" может быть отнесён к организму или среде в зависимости от того, что мы изучаем в данный момент.