Дело просто в том, что второй закон термодинамики не запрещает энтропии уменьшаться локально. Земля не является замкнутой системой, так как она получает энергию от Солнца и излучает в пространство. Энтропия Земли вполне может уменьшаться. Что же касается энтропии Вселенной в целом, то если Вселенная бесконечна, то никакая ее часть, строго говоря, не является замкнутой. Если же она конечна, тогда суммарная энтропия вроде бы должна и расти, но ведь с интуитивной точки зрения еще не всегда очевидни, где рост энтропии, а где - нет. Например, если в стакан с водой насыпать песок и размешать, а потом он осядет, в каком состоянии будет больше энтропия? Оказывается - в состоянии, когда песок осел, так как про оседании песчинки выделяется тепло (а прирост энтропии - это прирост тепла, деленный на температуру). В любом случае эволюция на отдельно взятой планете термодинамике никак не противоречит.
Что же касается закона сохранения энергии, то он, строго говоря, вообще не применим к Вселенной. Закон сохранения энергии есть следствие однородности времени, а время для Вселенной неоднородно, так как был Большой Взрыв (среди физиков, астрономов и космологов вопрос о том, был ли он, уже не обсуждается, всякие теории стационарного состояния не следует принимать всерьез). Так что полную энергию Вселенной, строго говоря, даже определить нельзя.