Думаю, что дело в политике государства. Атеизм считают идеологией, а ч.2. ст. 10 Основного закона говорит, что никакая идеология не может быть обязательной или государственной. Ну, и ст. 28 Конституции РФ прямо устанавливает, что каждому гарантируется свобода совести, свобода вероисповедания, включая право исповедовать индивидуально или совместно с другими любую религию или не исповедовать никакой, свободно выбирать, иметь и распространять религиозные и иные убеждения и действовать в соответствии с ними.
Вот и все. Политика, выраженная в праве.
Религиоведение же - это научная дисциплина, которая, чаще всего, входит как часть в историческую науку. Изучение религии, - вопрос обычный для науки, не всегда связанный с атеизмом напрямую. Атеизм, скорее, в рамках философии изучается. Религиоведение здесь выступает как база фактов, на которых основывается атеизм.