Вирусов не существовало до того, как появились клетки
Читаю всё внимательно, что вы пишете и поражаюсь тому, как вы сами себе в конечном итоге усложняете ответ на поставленный изначально вопрос.

Видите, как между прокариотами (клетками) и протеинами застряли вирусы? Так или иначе, по теории эволюции, прокариотам необходимо было пройти путь через домен вирусов, прежде чем эволюционировать в очень сложные клетки. Или по вашей логике на свет сначала появился Windows 8, а потом уже Windows 95, 98, Millenium, именно в такой последовательности?
Прошу вас в третий раз не уходить от ответа и сказать, как размножались вирусы, пока они эволюционировали в прокариоты, не имея при этом системы репродукции? Если не последует четкого ответа, вынужден спросить у вас каким это образом на ровном месте собрался прокариот? и это уже не космический корабль по своей сложности, это уже полноценный город со своей инфраструктурой (речь идет всего об одной клетке), причем таких клеток должно быть две, в одном месте, в одно время, а Земля большая.
По вашей логике всё-таки из обломков взорвавшегося завода в небе собирается ракета и улетает в космос? или я что-то не так понял?
На вышеизложенном фоне, 6-ти дневное Творение Богом выглядит изумительно правдоподобно, уж точно правдоподобней, чем теория эволюции с её сказочной биоалхимией. Разве нет?

Код вируса обычно состоит из одной строки, редко доходит до четырёх строк
Вообще-то я говорил о том, чтобы создать точную проекцию вируса на компьютере, переведя его тело и функции в виртуальную среду ПК, научить его в виртуальной среде атаковать клетки, перемещаться, адаптироваться, размножаться и т.д. Теперь понимаете всю сложность и объем работы, чтобы запрограммировать такое существо? это миллиарды строк кода. Но Бог справился идеально, причем Господь учел и внешние факторы, коих в нашем мире бесконечное количество, начиная от солнечной радиации, воинственных бактериофагов, заканчивая адаптацией к антибиотикам, придуманных людьми. Добро пожаловать в мир невозможного.
Так всё-таки кто написал программный код первому вирусу? или бактериофагу, если вам так удобней? найдите любое самое простое живое/полуживое существо и ответьте себе на вопрос: кто этому существу чётко запрограммировал ДНК/РНК-код?
Даже ложка сама по себе на свет появиться не может, то что уж говорить о нашем мире и живых существах, устройство которых до конца не изучено.