Да, атеист знает, что бога нет. Бога нет в двух смыслах:
1. Не существует бога Христа, бога Аллаха (простите за тавтологию), бога Будды, бога Вишну, бога Яхве и т.д.
2. Не существует сверхъестественной личности, называемой богом.
Таким образом, атеистами утверждается и доказывается ложность тезиса о существовании как конкретных богов, так и бога вообще (абстрактного бога).
На чем основываются атеисты? Конечно, только на опыте, фактах, логике и науке. Атеист рассматривает бога как объект исследования, а поэтому применяет к нему все научные методы исследования, правила логического вывода.
Кратко, существование конкретных богов конкретной религии опровергается исторической практикой, а именно наличием логических и фактических противоречий между религиозной догмой и реальностью.
Также кратко, существование абстрактного бога опровергается философско-логическим анализом понятия "бог", а именно установлением в данном понятии антагонистических логических противоречий. Так, догматы о всемогуществе, всезнании бога, естественно, крайне внутренне противоречивы, что автоматически исключает возможность их реального существования, то есть исключает их истинность.
Конечно, по каждому смыслу, аспекту, стороне дела можно привести десятки тезисов и несколько десятков аргументов (по первому, можно анализировать "непорочное" зачатие, хождение по воде и пр., а по второму, идеальность понятия "бог", его историчность и пр.), однако об этом писалось и пишется (простите за каламбур, слава богу) постоянно.
Думаю, что агностики - это люди, которые пока еще не выяснили свою позицию по данному вопросу, недодумали ее, возможно, спутав бога как продукт индивидуального и общественного сознания с природными явлениями.