Не знаю, как в гуманитарной науке(философия, например), но в естественной науке дела обстоят примерно так.
Автослесарю надо отремонтировать машину в которой что-то сломалось и она не заводится. Версии вида "оттуда душа вылетела" или "так было угодно богу" он всерьез рассматривать не будет, даже если подрабатывает попом. Верующий ученый в своих работах рассуждает примерно также.