Основная мысль в том, что генетика и подробности об устройстве клетки - враги теории эволюции
Ровно точно так же, как квантовая механика "враг" механики Ньютона: на уровне единичных событий могут быть неясности для непосвященного, но с введением адекватной статистики все становится на свои места.
проблема образования новых органов, которые могут появляться только как целое (например, глаз)
Ни для какого органа не может быть доказана необходимость "появления как целого". Глаз - классика жанра. Эволюция зрительной системы от скопления единичных светочувствительных клеток до полноценного глаза довольно наглядна.
как же собака, или же волк и йокширский терьер - один вид? Да даже дог уже не очень похож на волка
На самом деле, собака и волк - это действительно один вид. Породы домашней собаки - это популяции внутри одного вида. Главный критерий, по которому выделяют вид - репродуктивная изоляция - для пород собак не выполняется. Но тут суть в другом. Во-первых, не хватает времени для видообразования. Это время зависит не столько от целенаправленности и интенсивности отбора, сколько от скорости возникновения новых мутаций, которая от человека в данном случае не зависит. Во-вторых, отбор велся по признакам, не связанным с выживанием, а поскольку выживание популяции напрямую связано с ее воспроизведением и половым отбором, репродуктивная изоляция не возникла, следовательно, не возник новый вид
отсутствие переходных форм между рептилиями и ящерами - а как же мелкие хищные ящеры и археоптерикс?
Рептилии и есть ящеры, между ними не может быть "переходных форм". Археоптерикс, по-видимому, тупиковая ветка, но он довольно наглядно демонстрирует начало морфогенеза птиц.
то что этот великий Мастер, создавший живое - обязательно Бог: это надо ещё доказать (как и само наличие Мастера)
Чтобы оставаться в пределах научной дискуссии, следует вообще забыть про всяких мастеров, творцов и богов, оставить размышления на эту тему беллетристам. Существование творца неверифицируемо, следовательно, этот вопрос находится за пределами собственно научной методологии.
И всё же если бы теория эволюции была бы незыблемой, то не было бы таких горячих споров эволюционистов и креационистов
Этот спор ведется в основном в одном направлении - эволюционную теорию креационисты подвергают безграмотной критике и осыпают площадной бранью. Ничего научного в этом вопросе нет. Все проблемы эволюционной биологии (а их хватает, как и в любой нормальной науке) широко обсуждаются в специальных изданиях, но поскольку креационисты не имеют даже представления об эволюции, для них это - темный лес. :-)
Тем более, что создатели фильма правы в том, что генетика и микробиология только прибавили загадок в происхождение живого
В этом-то они как раз- таки и не правы.
Чего-то не вижу охотников спорить с механикой Ньютона и электродинамикой Максвелла (имеется в виду, в тех условиях, когда они применимы), а также гелиоцентрической моделью Коперника-Браге-Кеплера
Их хватает, но их нет именно тут, поскольку их критика имеет довольно опосредованное отношение к религии. Поскольку религиозные фундаменталисты - самые агрессивные из всех фанатично настроенных групп, дискуссии в русле креационизма идут с наибольшим накалом, который поддерживается в основном за счет самих же креационистов.