Прекрасный мультик "Симпсоны". Он очень часто поднимает вопросы религии и атеизма, и показывает абсурдность позиции "обычного верующего".
Например, Барт назвал Бога "тем убийцей на небесах" (в том смысле, что именно Бог убивает каждого человека в конце жизни).
В одной из серий, где Гомер Симпсон вычислял дату Конца света, он попадает на небо, и Бог говорит ему (передаю примерно): "Да, давненько я не был на земле. Мой сын как-то ходил туда погулять. Не знаю, что вы там с ним сделали..." И показывают Иисуса, сидящего на качели с перекошенным от ужаса лицом.
"Футурама" тоже очень неплоха. Там есть целая серия на тему теории эволюции. Хорошая фраза Робота-проповедника: "не верь этому, сынок! Если уж верить в чушь, то только в библейскую".