Уважаемый, Nemoj.
Моя ситуация весьма схожа с Вашей и это дает мне основание надеяться, что мой личный опыт будет Вам чем-то полезен.
1. Должен сразу сказать, что, на мой взгляд, многое зависит от Вашего с женой настроя решать проблемы конструктивно. А проблемы будут - к этому надо быть готовым: мировоззрение - это такая штука, изменения в которой происходят крайне редко и убеждения отстаиваются, что называется, до последнего.
2. Рекомендую сразу договориться о стратегии воспитания: "светская" или "религиозно-ориентированная". Нам с женой было в определенной мере проще, т.к. мы оба разделяем мнение, что "хороший человек" - понятие внерелигиозное. Есть основание полагать, что и у Вас есть шанс на такой подход, раз Ваша жена сочла возможным выйти замуж за атеиста. Кому-то это может показаться забавным, таким рекомендую посетить соответствующие дискуссии на православных форумах: там вопрос "можно ли (допустимо ли) православной выйти замуж за атеиста" обсуждается весьма серьезно.
3. При возникновении проблем (для Вас еще только потенциальных пока) старайтесь сразу все обсуждать, не загоняйте ее в уголки души и не давайте проблеме вырастать в обиду или что-то подобное. Непонимание между людьми (даже близкими) - вещь естественная, преодолевается обсуждением и обменом взглядами на ситуацию. В идеальном случае - выработка единого подхода и мнения.
В общем, жить можно :-)
