Jury,
Здесь нет противоречия, ибо речь в 1Иоан 3:9 идет о несколько другом, нежели в Еккл 7:20 и 3Цар 8:46.
"Рожденный от Бога" не означает плотское рождение ("не от крови, не от желания плоти и не от желания мужа" (Иоан 1:13), но рождение свыше, рождение от Духа (Иоан 3:3-8) и возможности принятия в себя "семя Божьего" со всеми вытекающими из этого последствиями: отвращение от греха, правдолюбие, благодать Святого Духа, любовь к ближнему.
Иными словами, Еккл 7:20 и 3Цар 8:46 указывают на общее состояние человеческой природы после грехопадения и до прихода Христа на Землю, в то время как 1Иоан 3:9 показывает состояние богорожденного человека, ставшее возможным с приходом Христа.