1. Человек не в состоянии вложить в свою голову весь опыт современного ему общества, не говоря уже о том, что познание в принципе бесконечно и любой объём знаний, делённый на эту бесконечность, даёт нуль. Не удивительно, что "даже" атеисты вынуждены принимать на веру львиную долю академических сведений о мире.
2. Религия это в первую очередь общественный институт. Академическая наука давно диктует множество норм и правил, постепенно выдавливая из государственного аппарата устаревшие религиозные институты. Любые точные знания имеют тенденцию профанироваться и размываться в стенах общественных организаций и абсолютно естественной является, например, пропасть между практикой в больнице и соответствующими этой практике открытиями в области медицины.
3. Науные дисциплины далеко неоднородны по своей точности, которая изменятся от почти нуля для какой-нибудь полуфэнтезийной "истории" до почти единицы для точных наук. То, что ближе к нулю, в общем не сильно отличается по своей правдивости от любых других эзотерических хиромантий. Искусственная среда обитания, которая так впечатляет атеистов, это на 50% продукт точных наук, на 45% до сих пор - продукт традиционный и малонаучный (к примеру, вся "капиталистическая" экономика - подобное явление). 5 спорных процентов - достижения всяких полуточных эмпирических наук, в пределах погрешности, без них искусственная среда обитания не сильно изменилась бы.
4. Сознание это явление крайне сложное для точного понимания. Человеческое в том числе. Устройство нейрона неизвестно, точные алгоритмы, по которым работает сознание - также, феномен границ индивидуальности толком не ясен, все научные убеждения по вопросу сознания в основном из той области, которая "ближе к нулю". Сознание с точки зрения нейрофизиолога это тоже самое, что программа с точки зрения инженера-электронщика. Язык низкого уровня неизвестен, контакты какие-то, на которых можно что-то измерять хоть миллион лет и даже имитировать девайсы, но, это всё ещё очень несерьёзно. К примеру, в начале кибернетической эры считалось, что самое высшее достижение ЭВМ это какая-нибудь гениальная программа для взятия интегралов, а после стало ясно, что алгоритмически намного сложнее создать робота, способного просто засунуть в ЭВМ перфокарту с этой самой гениальной программой.
5. Суть академического научного подхода к познанию мира состоит в признании объективности межсубъективного опыта единообразно подготовленных наблюдателей, единоообразно интерпретирующих свои единообразно фильтруемые наблюдения внешнего мира. В этом подходе много подводных камней. С моей точки зрения, все эти подготовленные наблюдатели - просто члены некой жреческой касты, не более того. Лично я давно выбрал для себя свободомыслие, в лоне которого и зародилась вся эта атеистическая субкультура. Атеизм же, на самом деле, это просто агрессивная новая религия. Закономерно преследуемая, на подобии раннего христианства, но также и закономерно тоталитарная. Суть атеизма не в отрицании "бога". "Бог" это центральная идея всего нескольких авраамистических культов, но полно религий, в которых "бог" и даже "боги" не важны, а в некоторых религиях сущестование богов и вовсе отрицается. Суть атеизма также не в отрицании "чудес". Невозможность полного познания, сформулированная в пункте 1, всегда порождает веру в те или иные чудеса. В данном случае, науки. Иногда эта вера опытом подтверждается, иногда - не подтверждается. Самый веский аргумент атеистов это то, что якобы ни одно религиозное чудо опытом не подтверждается, в то время как якобы все чудеса науки подтверждаются. Этот момент тоже очень спорный, в рамках пунктов 2-4 к нему можно предъявить очень много претензий. В любом случае, свободомыслие это путь индивидуума, который превыше всего ставит личный выбор и своё личное субъективное видение мира, а не видение мира, присущее некой касте.
В общем и кратко, общественные институты, формируемые под влиянием академической науки, склонны законодательно порабощать человека, обычно под предлогом обеспечения безопасности жизнедеятельности, общественного порядка и т.п. Всё это имеет очень отдалённое отношение к той самой науке и тем более к свободомыслию, в котором обычно всё и зарождается.