Если вы считаете "сложные эффекты" результатом суммирования признаков, независимо друг от друга, "поаллельно" закрепляемых отбором, то здесь я вижу проблему и с отбором конкретных аллелей в рамках типичных популяционных процессов
Хотя и сложно себе представить как эволюционируют сложные органы и сложные организмы, НО придётся признать для себя это как факт, потому как процесс эволюции мы можем наблюдать повсеместно. Причём конкурируют не только живые организмы, но даже целые экосистемы и отдельные клетки (например, выявлено, что нейроны конкурируют между собой за синаптические участки и проявляется эта борьба в способности к обучению, то есть такой сложнейший процесс как деятельность мозга и психические феномены возникают при тесном взаимодействии лруг с другом). П.А. Кропоткин в своих работах категориечски был не согласен с мнением эволюционистов по поводу того, что в мире присутсвует только БОРЬБА за существование, он приводил массу примеров вазимопомощи живых существ (то есть по сути симбиотических отношений в широком смысле). Неужели вас удивляет тот факт, что клетки в целях выживания стремились объединиться в единый организм? Считатется, что одними из первых были митохондрии.
То есть примеров независимой эволюции с последующим объединением мы имеем достаточно. Клетки в процессе эволюции создали свою промышленность, свои склады, свои органы наведения порядка и теперь вся система остеивает и отбирает себе нужные качества. Причём отбирает элементы с избыточными свойствами, которые порой проявляются только в экстремальных условиях.
Конечно нам сложно (а иногда почти невозможно предсказать проявление изменённого аллеля в силу эмерджентности системы), но нам особенно и не надо. Модель можно построить и без 100% осведомлённости. Современная ТЭ это модель и исследование окружающего мира добавляет в неё компонентов (возможно ЭТЭ, если не сползёт в голый ламаркизм или креационизм, подробнее изучит влияние ЕО). Исследования системологов показывают, что компоненты сложных систем (особенно живых) стремятся к усложнению, к развитию, так как в противном случае их ожидает стагнация и гибель. Почему же геномная структура должна быть исключеннием. Аллели конкурируют за локусы, признаки конкурируют за выживание, организмы за выживание, а ткже популяции, виды, экосистемы, биосфера наконец. И новые удачные признаки это союзники сложных систем.
Что касается независимого отбора, то следует отметить отбор в любом случае зависим... от среды. Отбор это по сути и есть среда, а она обладает рядом характеристик. а так как среда предъявляет условия к "конкурсантам", то им приходится устраивать парад адаптаций. И здесь конечно следует согласиться с огромной ролью ЕО, так как при быстрых изменениях характеристик среды, некоторые организмы будут просто не состоянии адаптироваться и здесь для них изменчивость бесполезна. Всё самое интересное, революционно-эволюционное формируется (имхо) в период стабильности, когда мы себе можем позводить накопление даже бесполезных признаков-иждивенцев, НО ЕО выдвигает на передний план в период острого кризиса. Причём кризис может быть как биосферным (глобальные вымирания), так и относительно индивидуальным (когда особи одного или нескольких видов "выдавливаются" своей средой обитания). Во втором случае они могут стать либо патиентами (выживать там где никто не выживет) или же набраться адаптаций в тяжёлых условиях и вернуться виолентом, ну и конечно же есть огромный шанс уйти с театра эволюционных действий. То есть ЕО всегда предвзятый судья и "негра всё равно линчуют".
