Вы мыслите в религиозных категориях (видимо, где-то в подсознании у Вас сидит мнение, что атеизм - это еще одна религия; а автомобиль - еще одна лошадь - звучит очень похоже). Атеизм (как следует из его названия) реакционен. Это реакция даже не на религию как таковую, а на глупость, сопровождающую любую религию.
Вот к примеру, согласно новозаветным источникам, Иисус Христос родился, во-первых, в 1 году н.э. (или 1 году до н.э.), во-вторых, еще при жизни Ирода, который умер в 4 году до н.э., а в это время происходила перепись Квириния, которая датируется 6 годом уже н.э. Верующий может вообще не обратить внимание на это странное обстоятельство или же утешит себя тем, что все равно истина непознаваема, и не стоит себя занимать такими сложными вопросами - верь и все. Атеист же начнет думать. Кстати, результат этих атеистических раздумий - все открытия и изобретения человеческой цивилизации (ну это так - побочный результат).
Но чтобы думать, познавать окружающий мир, получать образование, никакие специальные организации не нужны. "Духовенства" у атеистов (поскольку атеизм - не религия) тоже нет, соответственно нет нужды кормить духовенство и снабжать его дорогостоящими иномарками, - опять нет стимула к созданию какой-нибудь организации.
Организации атеистов есть, но это, скорее, некие информационные бюро по распространению информации. Во второй половине XIX века в разных странах Европы были созданы леволиберальные союзы свободомыслящих, которые преимущественно боролись с влиянием католической церкви, в т.ч. в образовании. но они исчезли между двумя мировыми войнами.
В СССР был Союз воинствующих безбожников (1925-1947), который на 99% также занимался просветительской деятельностью. В 1947 году он был преобразован во Всесоюзное общество по распространению политических и научных знаний (общество «Знание»). Кстати, очень интересная организация. Помните, в "Карнавальной ночи" - "если ли жизнь на Марсе"? Карикатурный образ, но это была очень хорошая работа, высокооплачиваемая, непыльная. Прочел лекцию там, здесь, кофейку тяпнул, познакомился с новыми интересными людьми. Если бы я родился 20-30 годами ранее, я бы работал именно в этой системе. Ее принцип - знание самоценно. Именно так.
Я лично никогда бы не стал тратить время на разборки с попами и их паствой (честное слово, других дел навалом - вот книжку четвертую издаю, еще пять-шесть наготове), но я не желаю жить в религиозной стране, а меня хотят заставить. Были бы умные люди. я бы их послушал, но как раз те, кто хотят заставить мне в подметки не годятся (без ложной скромности). Ну и потом исторический опыт человечества говорит о прямой зависимости атеистических убеждений от уровня образования. Так что тихой сапой мы своего добьемся. Не первый раз.