Принципиально отличаются взгляды СТЭ и ЭТЭ на механизмы изменчивости и отбора. Сторонники ЭТЭ отрицают генный детерминизм в отношении признаков. Для ЭТЭ вариативность признаков, наблюдаемых у особей в популяции, преимущественно определяется свойствами организма в целом, а не рекомбинациями и мутациями определённых генов. Соответственно, микроэволюция в ЭТЭ базируется не на изменении частот аллелей генов посредством отбора, а на отборе особей, чья расположенность к проявлению адаптивных свойств может быть ассоциирована с множеством различных альтернативных комбинаций генов. То есть, по генам эволюционно значимый отбор в ЭТЭ вообще не идёт. Эта точка зрения полярно противоположна модели СТЭ.