А по-моему, Президент — это новомодная калька с английского. Хотя, с другой стороны, в СССР был Генеральный секретарь с большой буквы. С третьей стороны — в Библии с большой буквы пишутся национальности и народности, и до революции было такое правило, кажется. А сейчас часто с заглавной пишется Интернет.
Жаль, в русском нет определённого артикля. Можно было бы легко договориться: писать с маленькой буквы тне церковь, чтобы отличить здание от организации.
Наверно, я бы писал церковь как организацию с заглавной. Как названия партий, например. Может, кому-нибудь не лень слазить на грамоту.ру? Мне лень.