Трудно сказать на вскидку. Но скорее всего, если ваш сторонний носитель был подключен во время заражения,то шифровальшик просто не обнаружил,там нужных ему архивов, медиа или оффисных файлов, а файлы со специфическими расширениями загрузочных образов,вероятно были ему незнакомы.Иначе, что бы ему мешало зашифровать файлы и на нём. Когда такие диски подключены, система присваивает им букву и ведёт себя с ними практически так же. как и с любыми другими томами.
ЗЫ: Вы,что под DOS работаете?