Я почему то думал, что атеистическая позиция основана на знании...
Атеизм может быть основан на чём угодно (порой даже на слепом отрицании веры), но никак не на абсолютном знании, ибо такового не существует в природе. Он не является религией и в нём нет никакой каноничности, потому мнений атеистов на различные вопросы сколь угодно много.
Тем не менее, если человек сознательно пришёл от веры к атеизму, то чаще всего это вызвано именно скептицизмом и потерей основания бездумно верить во что-либо.
мы же не знаем точно относительно сверхьестественного, только предполагаем с высокой вероятностью
Если быть строгим, то мы ничего не знаем точно. Даже сам факт нашего существования регулярно ставят под вопрос, потому абсолютного знания не может быть. Мы (материалисты) лишь оперируем теми данными, которые имеются, чтобы с той или иной степенью достоверности (или вероятности) говорить о каком-либо явлении.
-Предположим, я говорю, что атеистическая позиция отвергает сверхестественное
Вы изначально взялись защищать неверный тезис. Всё, что человечеству непостижимо на сегодняшний день, является сверхъестественным, а таких вещей, вероятно, существует очень много. Считать, что наука уже коснулась каждого аспекта нашего мира и потому сверхъестественного не существует - очень наивно как минимум. Нужно уточнять, что именно ваш оппонент в споре имеет в виду под "сверхъестественным", и разбирать частные случаи.
К тому же, атеизм не является неверием в т.н. "сверхъестественное". Атеизм - неверие в Бога/богов. Не больше и не меньше. Т.е. это по большей части достаточно пассивная позиция, которая говорит "я
не вижу оснований верить, что Бог/боги существуют", а не "я
знаю точно, что Бога/богов не существует". Никакого доказательства такая позиция не требует.