Я, действительно, не поняла в чем так основная мысль.
Вспомните, что роман писал нищий, больной, умирающий человек. Во враждебной ему действительности. Все, что было дорого ему, умерло, он сам неизлечимо болен. Неудивительно, что самые яркие и вкусные страницы романа - это как неуязвимые демоны воздают по заслугам всем этим гнусным совковым мордам. На этих страницах он, конечно, оттягивался. Заметьте, что у него, кроме пары главных героев, нет никого пололжительного в описываемой ему Москве. Разве что Иван Бездомный, но и он не положительный, а, скорее, кандидат. Если не продаст душу дьяволу-государству.
Все остальное - добавлено, пристегнуто. Теология слаба и противоречива. Философии почти нет - какой, к лешему, из Булгакова философ? Он замечательный писатель-стилист, и только. Книгу надо читать так, как она написана, никакого шифра там нет, надо просто читать и наслаждаться словом и местью: "Я умираю, но Карфаген будет разрушен".