Дарвин не был атеистом. Он был деизтом..
Цитата
Деи́зм (от лат. deus, «бог») — философское учение, признающее божество началом и основой всех вещей, но (в противоположность теизму) отрицающее личного Бога, откровение и Промысел, и вообще богословское, догматическое учение. Иными словами, согласно деизму, Бог, сотворив мир, не принимает в нём дальнейшего участия и не вмешивается в закономерное течение событий. Деизм не допускает других путей к познанию Бога, кроме разума. Родоначальником деизма считается лорд Герберт Чербери (1583—1648). Наибольшего расцвета деизм достиг в эпоху Просвещения. Большой вклад в распространение деизма внёс Орден иллюминатов.
Слова Дарвина: "Есть что то величественное в том, что Творец вдохнул начало всякой жизни, окружающей нас, лишь в несколько, а то и вовсе в единственный экземпляр, и в том, что пока наша земля совершает своё движение согласно закону гравитации, из этого скромного начинания возникло и возникает бесчисленное количество красивейших и удевительнейших форм" (Ч.Дарвин книга "Происхождение видов путём естественного отбора")
Так что Ч. Дарвин не отрицал Божественного происхождения жизни