в четвертом тысячелетии, когда научное познание будет завершено
Вы большой оптимист: во-первых, мы ещё не знаем, какие сюрпризы подготовила нам Вселенная на пути к познанию. Во-вторых, мы не знаем, с какой скоростью будет идти развитие науки, быть может, человечество не доживёт до четвёртого тысячелетия, а может быть, потеряет интерес к науке лет через 200, удовольствовавшись достигнутым (которого к тому времени может хватить на миллионы лет красивой и безбедной жизни - после термоядерного реактора, планетарной энергосистемы, малоотходных производств и упразднения суверенных государств уже не будет объективной нужды развиваться).
А вот с тем, что атеизм не имеет прямой связи с естественными науками, я согласен (но он прямо связан с философией). Научные достижения способны опровегнуть представления о Боге (богах) и о Вселенной конкретной религии, объяснить казавшиеся когда-то чудесами явления, но саму идею Бога ни опровергнуть, ни подтвердить нельзя.
Другое дело, что естественные науки объясняют природу без божественного вмешательства (и это правильно), но всю Вселенную познать всё равно нельзя.
