Или Вы имеете в виду, что система "бензольное кольцо" в реальности представляет из себя непрерывную материю, описываемую волновой функцией?
Да, имею в виду, что в реальности бензольное кольцо - это совокупность электронов и ядер, движение которых описывается волновой функцией. И что понятия из химии вроде делокализации связей, ароматичности - это всё полуколичественные упрощения физического описания. И всех этих упрощений нет в природе, они придуманы людьми. Кстати, не сказал бы, что это - непрерывная материя, т.к. электроны и ядра всё время остаются точечными частицами.
Как учат нас классики диамата, правильное мышление есть отражение окружающего мира. А правильное мышение это мышление логическое. Т.е., логика мышления и логика окружающего мира тождественны. А уж формальная это логика или диалектическая, не важно.
Главное тут - не отождествлять мир и наши представления о нём, и уж тем более с моделями, в которых вводят осознанно упрощения. Если нам для какой-то цели удобнее, скажем, описывать молекулы не волновой функцией, а структурными формулами, резонансными структурами или молекулярными орбиталями - то почему бы и нет? Но не надо воображать, что это порождает какую-то "несводимость" к физике.
В случае физики и химии мне кажется, что тут дело в некотором догматизме сторонников диалектического материализма. Во времена Энгельса редукция химии к физике действительно была невозможна, т.к. не было нужной механики. Также ещё только начинала становление статистическая физика и химическая термодинамика.
Также ряд вещей в работах Энгельса сильно устарел с точки зрения науки, что сильно влияет на выводы о широте применимости редукционизма:
Цитаты из "Анти-Дюринга":
Но ни один химик не решится утверждать, будто все свойства какого-нибудь элемента выражаются исчерпывающим образом его положением на кривой Лотара Мейера, что этим одним определяются, например, специфические свойства углерода, делающие его главным носителем органической жизни, или же необходимость фосфора в мозгу. Между тем механическая концепция сводится именно к этому; она объясняет всякие изменения из изменений места, все качественные различия из количественных и не замечает, что отношение между качеством и количеством взаимно
Квантовая механика сделала именно это, т.е. то, против чего протестовал Энгельс. Если оценивать эту цитату как научное предсказание, то оно не сбылось.
Цитата из "Диалектики природы":
Если бы хотели говорить о химической силе, то пришлось бы найти способ
для измерения большего или меньшего сродства между отдельными элементами и их соединениями,
например кислотами и щелочами, землями, серой, окисями металлов, —задача, которая современных
химиков вполне основательно занимает пока мало
Эти задачи были решены в рамках химической термодинамики.